Se você quiser instalar um sistema operacional Linux em um USB para inicializar, você deve ser capaz de fazer isso normalmente (ou seja, o uso de um sistema de arquivos ext não deve exigir fazer as coisas de uma maneira diferente da para um sistema de arquivos diferente). Além disso, esta questão foi respondida antes: Ext2 ou Ext4 para uma unidade flash USB inicializável com Linux?
Se eu entendi corretamente, você quer fazer um USB inicializável com Kali nele. E de lá, você quer limpar a instalação em suas unidades principais. Se você precisar de algumas instruções específicas, este tutorial deve ajudar: link . Ele mostra como fazer um Kali USB inicializável, e de lá você pode instalar o Kali em uma partição no formato ext4. O tutorial é uma informação suplementar. É detalhado e bastante longo, com imagens extensas, por isso não seria prático replicá-lo aqui.