Isso só deve acontecer em um terminal de texto, (onde "colar" acaba simplesmente enviando o texto char por caractere para o Emacs como se você tivesse digitado esses caracteres).
Desde o Emacs-25, isso não deve ser mais um problema, pois usa o suporte a "colchetes" do terminal de texto (de modo que o terminal envia sequências de escape especiais antes e depois do texto colado).
Não há necessidade de configurá-lo: "simplesmente funciona".