Remova o RAID 0 e recrie um RAID 1 ou uma configuração autônoma.
Se você não se opuser a começar do zero, poderá baixar sua própria mídia de instalação aqui: link
Este será o caminho mais direto a seguir, já que o Windows irá reconstruir tudo por conta própria.
Sua alternativa aqui é fazer backup / restaurar de uma maneira que permita redimensionar partições. Isso não é direto com o CloneZilla: link
Você também pode usar o Backup / restauração do Windows ou outra ferramenta de terceiros. Acronis vem à mente, mas o AOMEI Backupper Standard Freeware também foi sugerido nos comentários.
Além disso, você pode redimensionar suas partições de trabalho desfragmentando / otimizando a unidade primeiro e, em seguida, reduzindo a partição principal para que o espaço total usado seja menor que uma das unidades SSD. Então um clone deve funcionar bem.