Embora esse número pareça alto, não é realmente alarmante. É por causa da maneira como os programas são escritos para o Linux, ao contrário de outros sistemas operacionais. No Linux, muitos programas são na verdade apenas um monte de outros programas que fazem uma pequena função, mas podem ser colaborados em um programa maior. É por isso que temos dependências. O raciocínio para isso é que, no software de código aberto, o ethos é "faça uma coisa e faça bem". Quando programas são escritos para fazer uma coisa e o fazem bem, outro programador não precisa escrever aquela parte de seu programa, porque alguém já fez isso, e eles podem simplesmente pegar carona naquele programa para aquela função em particular.
Eu recomendo manter seu PC atualizado, porque na maioria das vezes as atualizações são correções de bugs, melhorias de recursos ou correções de segurança. Eu pessoalmente executo atualizações sempre que a programação padrão é (eu acho que verifica uma vez por semana) e notifico-me para executar atualizações.