O WinSCP ainda não suporta as ACLs.
Veja link
Primeiro, você precisa de um servidor SFTP com suporte a ACL.
A ACL é suportada pelo SFTP versão 4 e somente mais recente. O servidor SFTP mais difundido, usado em uma maioria absoluta de distribuições Linux, é o OpenSSH. Este servidor suporta somente a versão 3 do SFTP e parece não haver nenhum interesse do lado deles para suportar versões posteriores do SFTP. A proposta do SFTP versão 4 é de 2004. A versão mais recente do SFTP é 6.
Como tal, não faz muito sentido suportar ACLs no lado do cliente. Embora existam alguns servidores SFTP do Windows que suportam ACLs.
Isso particularmente não ajudaria você, já que eu suponho que você use o OpenSSH.