A "borda" de pixel único que você está tentando remover é parte da janela. O gerenciador de janelas do Windows vai relatar isso como parte da janela para qualquer ferramenta de captura automatizada. Você não encontrará uma maneira de removê-lo durante a fase de corte / captura.
Se você estivesse usando um pacote gráfico melhor (Photoshop ou GIMP, por exemplo), você poderia simplesmente reduzir o tamanho da tela em dois pixels em cada dimensão (um em cada lado) e remover a linha.