O cygwin não deve criar arquivos undeletable, pelo menos não mais. Supondo que você tenha uma instalação atualizada (cygwin 2.5.1): verifique as ACLs do arquivo com: getfacl "filename" você pode limpar a permissão da ACL com: setfacl -b "filename" Veja os manuais de getfacl e setfacl para detalhes. Leitura adicional link
Como você tem de getfacl
proprietário: desconhecido + usuário
group: Desconhecido + Grupo
Isso significa que o cygwin não reconhece o proprietário. Duas possibilidades:
1) o proprietário não é mais válido na máquina windows
2) você está usando algum tipo de conexão VPN ou Domínio e o usuário do banco de dados do Windows não está acessível em condições específicas.
Como administrador do windows, você poderá alterar o proprietário, também do cygwin.