Houve um bug no Chrome 35 que fez com que as fontes da interface do Chrome ficassem muito pequeno para muitos usuários do Linux. Se você estiver usando essa versão do Chrome, atualize para o mais recente.
Se esse não é o problema e as fontes ainda são muito pequenas para sua preferência, você pode alterar as fontes do sistema do Ubuntu e o Chrome respeitará suas configurações (depois de reiniciar o Chrome).
Extraído de esta resposta :
# check current font
# for me, this returns Ubuntu 11
gsettings get org.gnome.desktop.interface font-name
# set it to something larger
gsettings set org.gnome.desktop.interface font-name 'Ubuntu 14'
Se você preferir não usar a linha de comando, você pode alterar essas configurações usando Ferramenta Unity Tweak
Observe que isso vai mudar mais do que apenas a interface do usuário do Chrome. Tanto quanto eu sei, não há nenhuma maneira nas configurações do Chrome (ou chrome: // flags) para alterar o tamanho da fonte da interface.
Antes e depois, com o padrão 11 e minha alteração para 13 :
