Isso não ajudará (pelo menos não no meu Ubuntu 16.04 LTS) porque o Skype automaticamente se ativa nos Aplicativos de Inicialização toda vez que é usado. Você pode parar de iniciar o skype adicionando um comando que matará o skype na inicialização após o início do próprio Skype:
No Unity Dash, digite:
comece
e clique em (sob Applications) em "Startup Applications" (isto abrirá "Startup Application Preferences".
Clique em "Adicionar" e digite em Nome:
z-kill skype
(o "z" no começo vai ter certeza de que ele está mais abaixo na lista de aplicativos que o skype, e assim começa / depois / skype começou)
e digite sob o comando:
killall -9 skypeforlinux
(Isso vai matar "skypeforlinux" - se o seu programa skype tem um nome diferente em uma versão linux diferente, você tem que digitar esse nome)
Boa sorte! E aproveite o seu linux sem skype impondo na inicialização ;-)