Você pode usar xdotool
para alterar a posição e o tamanho da janela depois que ela aparecer. Talvez algo como
xdotool search --name "Supermicro IPMIView" windowsize 800 600
xdotool search --name "Supermicro IPMIView" windowmove 10 10
Você também pode configurar devilspie
como um daemon que faz isso automaticamente. Veja, por exemplo, documentação do Ubuntu no Devilspie