Parece que este é um guia para executar múltiplos wiki's de um diretório (pasta). Parece que você pode usar mediawiki para conseguir isso, tendo vários arquivos LocalSettings_x.php, definidos em um arquivo principal LocalSettings.php.
Então, você teria um arquivo LocalSettings.php que armazena configurações globais e também aponta para LocalSettings_wiki1.php e LocalSettings_wiki2.php.
Pelo que entendi, todos eles estariam no mesmo diretório.
No caso da subpasta virtual
Eu não acho que o Apache precise estar ciente, parece que você pode definir mydomain.com/wiki1 dentro dos arquivos php, e o wiki "saberá" como lidar com isso.
No caso do subdomínio
(wiki1.youromain.com, wiki2.yourdomain.com) A configuração do Apache é necessária, ela precisa ser instruída para apontar para o local apropriado, isso é feito com Hosts virtuais do Apache .
Seu caso pode ser algo assim:
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot "/var/www/mediawiki"
ServerName wiki1.mydomain.com
DocumentRoot "/var/www/mediawiki"
ServerName wiki2.mydomain.com
</VirtualHost>
A confusão nesta configuração você está executando tudo de uma pasta, com caminhos de URL virtual. Por exemplo, um visitante digitaria mydomain.com/wiki2, mas / var / www / wiki2 não existiria em seu servidor, ele seria direcionado nos bastidores, conforme definido por LocalSettings.php
N.B. Esta é uma resposta teórica para a questão, pois não tenho experiência com o MediaWiki e experiência limitada configurando o apache. Vou editar conforme necessário.