Eu descobri isso! Eu tive que adicionar as seguintes linhas para ~/.local/share/mime/packages/Override.xml
:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE mime-info>
<mime-info xmlns="http://www.freedesktop.org/standards/shared-mime-info">
<mime-type type="text/markdown">
<magic priority="50"><match value="##" type="string" offset="0"/></magic>
</mime-type>
</mime-info>
E, em seguida, execute update-mime-database /home/[username]/.local/share/mime
.
Ainda não sei ao certo por que ##
faz com que arquivos sejam detectados como MATLAB por padrão.