A resposta sugerindo que eu uso o rsync foi embora, então estou respondendo a mim mesmo. Obrigado pela dica.
Vou experimentar o rsync com conselhos adicionais de aqui .
sudo rsync -aAXv --log-file=/home/osmc/rsync.log --exclude={"/lost+found"} /mnt/Main/* /mnt/NewMain
Demorou bastante tempo a concluir, mas consegui continuar a utilizar o sistema e até ler e gravar ficheiros na unidade durante. Os erros encontrados foram registrados e repetidos novamente no final. Acabei perdendo alguns arquivos, mas nada que fosse muito importante para mim.
Isso provavelmente não atende às necessidades de todos, mas fez exatamente o que eu precisava.