De acordo com Bing (Lol que rima!)
"3GP é um formato de contêiner multimídia definido pelo Projeto de Parceria de Terceira Geração para serviços multimídia 3G UMTS. É usado em telefones celulares 3G, mas também pode ser reproduzido em alguns telefones 2G e 4G." Open Com: Apple Quicktime Player / VLC /
"Formato de áudio compactado desenvolvido pela Ericsson; usado por muitos telefones celulares 3G para gravações de voz, como mensagens MMS; incorpora o algoritmo Algelic Code Excited Linear Prediction (ACELP), projetado para compactar eficientemente o áudio de fala humana." Abrir com: Apple Quicktime Player / VLC /
Ambos os arquivos estão no formato binário.
Eu não vejo muitas diferenças aqui.