Obrigado ao Ramhound pelo link para algo que me permitiria administrar o formato da bibliografia (e eu daria o crédito por responder a pergunta que fiz se pudesse, mas é postado como um comentário, não uma resposta). Mas encontrei a resposta para o problema subjacente em link .
Acontece que os números de citação estavam embrulhando porque uma URL em uma citação era muito longa. Divida essa URL e os números de citação formatados bem, sem a necessidade de editar qualquer XML subjacente.