Existem algumas abordagens. Eu recomendo usar o aplicativo "Service Control", porque ele se integra totalmente ao painel de controle services.msc, para que possa ser executado sob um usuário arbitrário e iniciado automaticamente com o sistema. Isso pode causar problemas de tempo de carregamento, portanto, talvez a partida como "Automático (atrasado)" seja uma boa ideia, para garantir que os serviços necessários já tenham sido carregados.
sc \localhost create <newservicename> binpath= c:\path\to\service.exe
O Agendador de Tarefas é outra boa opção, como sugerido pelo @DavidPostill. se você não precisar que o sistema reconheça o exe como um serviço. o agendador de tarefas tem muitas boas opções de configuração.
Algumas pessoas recomendam gerenciadores de serviços alternativos, como o NSSM: link