Você pode tentar abrir o Prompt de Comando como administrador, digitando ...
Taskkill /im cmd.exe /f
e pressionando Enter. Isso matará todos os arquivos em lote e as janelas do Prompt de Comando.
Ou encontre o PID do arquivo em lote abrindo o Gerenciador de Tarefas, indo para a guia Processos, clicando com o botão direito do mouse no nome da janela que não está respondendo e clicando em "Ir para detalhes". Observe o PID do processo selecionado, abra o Prompt de Comando como admin e digite ...
Taskkill /pid (insert PID) /f
e pressione Enter. Isso matará esse arquivo de lote especificamente, mas não outras janelas.