O ConEmu não faz mágica com a sua saída aplicativo de console . Na verdade, ele mostra apenas o conteúdo do console real do Windows .
No entanto, o console do Windows suporta unicode do WinNT e não é um problema usar caracteres unicode se eles existirem na fonte usada para desenhar o conteúdo do console: link
No entanto, as versões atuais do cygwin e msys v1 estão usando ANSI para impressões do console, o que leva à limitação do conjunto de caracteres disponível. O AFAIK msys v2 usa o unicode e pode funcionar melhor com os glifos UTF-8.