Para removê-lo completamente, você pode querer garantir que os pacotes sejam removidos e ele seja desinstalado do computador (programas e recursos). Você também pode precisar entrar no registro para ver se ele foi totalmente removido da chave de desinstalação, geralmente encontrado em HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\Git_is1
(Windows x64) ou HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\Git_is1
(Windows 32 bits). Gostaria de fazer o backup das chaves particulares que você está prestes a remover primeiro e depois garantir que essa chave seja removida. Eu usaria essa opção como último recurso quando as duas primeiras opções não funcionarem.
No entanto, estou curioso, se estava funcionando e de repente parou de funcionar, o que pode ter mudado? Houve uma atualização do Windows (após sua atualização) ou algo mais instalado?