Quando um sistema Mac OS X fica mal assim, meu primeiro instinto é executar Onyx e limpar caches do sistema:
OnyX is a multifunction utility for OS X which you can use to verify the startup disk and the structure of its system files, to run miscellaneous tasks of cleaning and system maintenance, to configure some hidden parameters of many of Apple’s applications, and more.
A parte do Onyx que eu uso regularmente em situações como essa é a guia "Limpeza".
Eupraticamentefaçoocheck-outdepraticamentetudonascategorias"System", "User", "Internet" e "Logs", faço o Onyx e reinicio a configuração do Mac OS X. No seu caso, você só precisa limpar os caches “System” e “User” e não se preocupar com mais nada.
E se você estiver apreensivo sobre a limpeza de caches com o Onyx, posso afirmar com confiança que pessoalmente tenho usado o Onyx no meu próprio sistema Mac OS X desde o Mac OS X 10.5 e sistemas cliente e nunca tive um negativo resultado ao executá-lo.