Encontrou uma solução baseada em esta pergunta . O arquivo de lote para mover os arquivos é este:
@echo off
for /f "tokens=*" %%F in ('dir/b/a-d d:\temp\pdfprints\*.pdf') do call :sub1 %%F
goto :eof
:sub1
set name=%1
move d:\temp\pdfprints\%name% R:\%name:~0,5%000\%name%