Eu tive um problema semelhante envolvendo a mensagem de erro update-initramfs is disabled since running on read-only media . Se você olhar o script, verá que é apenas um script de wrapper para mkinitramfs .
whereis update-initramfs
update-initramfs: /usr/sbin/update-initramfs …
gedit /usr/sbin/update-initramfs
Você pode chamar mkinitramfs diretamente:
mkinitramfs -o /boot/initrd.img-${kernel_ver}-generic ${kernel_ver}-generic
Mais detalhes sobre como reinstalar o kernel e as imagens initrd da mídia ao vivo / chroot no link acima.