Não, isso não impediria que o usuário fizesse login, já que o processo de autenticação acontece fora da pasta do perfil do usuário.
Eu encorajaria você a não usar o EFS, pois é muito perigoso. Primeiro de tudo, o EFS requer um agente de recuperação de dados para recuperar seus dados caso algo aconteça com ele. Habilitar o EFS é trivial (tudo que você faz é marcar uma caixa), mas criar um agente de recuperação de dados não é. Você tem que fazer um trabalho extra para se proteger e a EFS não dá nenhum aviso sobre isso. Isso torna muito fácil perder todos os seus dados.
Em segundo lugar, o EFS é integrado ao sistema de arquivos e não depende de um formato de contêiner como o fazem outros sistemas de criptografia (até mesmo o próprio BitLocker da Microsoft usa um contêiner). Se o seu disco rígido morre, por exemplo, você não pode simplesmente colocar a unidade em outro computador e copiar seus dados em algum lugar. Você precisa de um computador com Windows e o agente de recuperação de dados que o EFS não lhe disse para fazer. Isso também implica que a unidade morta ainda é estável o suficiente para ser montada e usada pelo Windows, o que provavelmente não acontecerá se você estiver recorrendo a esse método para resgatar seus dados.Por fim, se você quiser alterar sua senha, deverá fazer login com essa conta e alterá-la de lá. QUALQUER OUTRO MÉTODO fará com que você perca o acesso aos seus dados criptografados pelo EFS (como se você esquecer e usar a conta do Administrador para redefini-la, por exemplo).
EFS é tão fácil de usar e tão conveniente de trabalhar que esconde o risco para o qual você está colocando seus dados. Se alguma coisa acontecer ao seu computador (por exemplo, você precisa reinstalar o Windows, seu disco rígido morre ou seu perfil fica bagunçado), você realmente estará se odiando por usá-lo.