Primeiro, você precisa reduzir sua partição em 1028 KB (pouco mais de 1 MB). Eu recomendaria encolher por 4 MB. Desmonte sua partição antes da operação.
Para o ext4:
sudo dumpe2fs /dev/sdd1|grep 'Block count'
subtraia 1024 desse valor (supondo que você tenha blocos de 4KB), então faça:
sudo resize2fs /dev/sdd1 new_value
Em seguida, criptografe-o:
sudo cryptsetup-reencrypt -N --reduce-device-size 4M /dev/sdd1