Poderia ser simplesmente que o seu HDD está apenas pronto para SATA 2.
Caso contrário ...
O SATA 2 tem muito menos problemas de compatibilidade do que o SATA 3. Não quer dizer que o SATA 3 tenha muitos problemas, mas o SATA 2 funcionará com praticamente qualquer coisa. Se a sua unidade não estiver formatada, é possível que a placa-mãe apenas detecte um dispositivo de armazenamento genérico e, portanto, mude para um 'modo de compatibilidade'.