No meu Linux Mint 17.1, o diretório /etc/ssl/certs contém um arquivo real ( ca-certificates.crt ) e cerca de 500 links para arquivos em /usr/share/ca-certificates/mozilla/ . Se você acessou o diretório de destino e excluiu os arquivos indesejados, talvez tenha uma exclusão um pouco mais permanente.
Mas, o pacote ca-certificates parece que recriaria todos os arquivos novamente quando for atualizado, para que você possa parar de atualizar esse pacote ou excluir os arquivos indesejados sempre que for atualizado.
Ou, melhor, a resposta vinculada no comentário acima parece que deve funcionar para "desmarcar" alguns certificados executando:
sudo dpkg-reconfigure ca-certificates