É difícil para a Pandoc processar todos os tipos de código LaTeX como entrada.
No entanto, você deve adicionar --toc --toc-depth=N
(onde N
é um dígito indicando a profundidade do ToC que você deseja gerar.
Eu tive um bom sucesso na conversão de alguns arquivos-fonte críticos do LaTeX para o EPUB por ...
- ... primeiro convertendo para Markdown,
- ... depois massageando manualmente as partes do b0rken no Markdown apropriado,
- ... última conversão do Markdown para o EPUB.