Eu estava tendo o mesmo problema há um longo tempo e encontrei link que diz para usar localectl set-x11-keymap
para alterar o layout do sistema de forma que o GDM o honre. Eu verifiquei localectl
no meu sistema e ele retornou us
como meu layout de teclado.
No meu caso, o seguinte parece ter corrigido, mesmo que o teclado na tela ainda apareça em nós qwerty:
# localectl set-keymap dvorak
Obviamente, substitua dvorak
pelo layout que você quiser.