Tentei em um disco rígido diferente que encontrei. Ele não exclui nenhum arquivo e coloca o backup em uma pasta chamada WindowsBackup (algo parecido).
Isso pode parecer estúpido, mas prefiro prevenir do que remediar. Se eu criar uma imagem do sistema no Windows 7 usando a ferramenta do painel de controle, e eu digo para criar a imagem no meu disco rígido externo, onde no HDD será a imagem? Mudará algum dos arquivos existentes? Existe alguma maneira eu posso dizer onde colocar o backup?