Ele só formatará sua partição que contém janelas, a menos que você explique explicitamente o contrário. (Veja Link, veja o passo 5 para a primeira opção ou o passo 9 para a segunda opção)
Você tem outra opção: Atualizar. Isso restaurará o sistema operacional Windows, mas deixará todos os seus arquivos intactos. Dependendo do que você está procurando, isso pode funcionar para você. Aqui está um link para todas as opções de restauração / recuperação. (Link)