Observe a última parte da mensagem:
remove their references.
Os grupos de segurança podem permitir tráfego com base no endereço IP de origem ou permitir o tráfego originado por instâncias que são membros de um grupo de segurança, fazendo referência ao id do grupo, sg-xxxxxxxx, em vez de um intervalo de endereços IP.
Para cada grupo de segurança que você deseja excluir, você precisará remover quaisquer regras que os referencie, dentro de outros grupos de segurança .
A abordagem mais simples, desde que você pareça ter dependências circulares, seria entrar em cada grupo que você já planeja excluir, e simplesmente excluir todas as regras e salvar as alterações.
Você não precisa excluir todas as regras, apenas as regras que fazem referência aos grupos que você planeja excluir ... mas, como você está prestes a excluir esses grupos, clique no "x" em cada linha da página é provavelmente tão rápido.
Se não houver outras referências, você poderá imediatamente excluir os grupos.
Se algum dos grupos também for referenciado por regras dentro de grupos que você não estará excluindo, você precisará ir para esses grupos também e excluir apenas as regras que referenciem os grupos que ainda podem não pode ser eliminado.
Como os grupos de segurança são limitados a (normalmente) apenas 50 regras por grupo, você deve ser capaz de rolar por eles e fazer isso rapidamente, e ser feito em apenas alguns minutos.
Note que isso pode parecer um ponto de frustração, mas é uma restrição sensata a ter em vigor: seria uma coisa muito ruim se grupos de segurança pudessem pode ser excluído enquanto existirem referências pendentes, e seria desnecessariamente inflexível se os grupos de segurança não tivessem permissão para ter referências circulares sob operações normais.