Não consegui resolver isto, por isso acabei de transferir o disco rígido para a caixa USB mais antiga, onde funciona muito bem.
Acho que pode ser um problema de hardware ou driver. Parece que diferentes chipsets USB 3.0 para SATA têm características ligeiramente diferentes, o que resulta em sistemas de arquivos incompatíveis quando o HDD é movido entre os gabinetes USB: - (
Atualização: desde aquela época, comprei uma nova área de trabalho e conectei o HDD diretamente ao SATA sem USB. O sistema de arquivos foi reconhecido como OK.