O Debian inclui um pacote pronto para fazer isso: iptables-persistent . Eu usei isso e funciona bem no Debian e no Ubuntu. Sem realizar muitas análises de segurança, considero uma boa prática usar soluções prontas, em vez de usar as suas próprias soluções.
apt-get install iptables-persistent
iptables-save > /etc/iptables/rules.v4
ip6tables-save > /etc/iptables/rules.v6