Bem, você já descobriu metade da solução: é um tema do GTK. Aplica-se apenas a aplicativos usando uma GUI do GTK. Isso é o mesmo para aplicativos enviados e de terceiros.
O Firefox não usa o GTK e, como tal, não usa o tema. Não há absolutamente nada que você possa fazer para mudar isso, exceto talvez reinventar o Firefox. ;) Ainda assim, pode haver temas disponíveis (pelo menos para o Firefox) que correspondam às suas preferências.