Isso só faz sentido quando você restaura fontes do sistema antigo, mas mesmo nesse caso as fontes não são excluídas e o link no registro que aponta para uma pasta de fontes é alterado.
A resposta curta é - sim, você pode ter problemas. Além disso - muito espaço você não ganha, porque as fontes do sistema são restauradas, mas a configuração normal é possível - não. Boa sorte.