Supondo que os dois repositórios ofereçam os mesmos pacotes em versões potencialmente diferentes, eles não interferirão entre si. O Apt simplesmente instalará qualquer pacote que tenha um número de versão "superior", que provavelmente é o do canal de desenvolvimento.
Se os repositórios oferecem pacotes diferentes e não são bem mantidos, então é possível que sua inclusão simultânea cause problemas de gerenciamento de pacotes, como acontece com qualquer outro conjunto de repositórios de pacotes.