Encontrei a resposta em outra consulta, portanto, não aceite nenhum crédito. Quando o Nautilus encontra o arquivo vazio, você precisa ir para a barra de endereços onde o endereço completo deve ser mostrado (você pode precisar pressionar CTRL - L para obter a exibição completa em vez do que o curto).
Será algo parecido com:
/home/user/.config/kdeconnect/9e835c92cb5a86f8/kdeconnect_sftp/9e835c92cb5a86f8
Basta anexar /sdcard
ao final do endereço e o nautilus deve encontrar o conteúdo do telefone. Dependendo do seu telefone Android e versão, você pode ter que tentar /storage
ou /mnt
em vez de /sdcard
.