A pergunta não é necessária para versões mais recentes do Okular. Da seção FAQs do site do Okular
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Por que as anotações recém-adicionadas não estão no meu documento PDF?
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Como posso anotar um documento e enviá-lo para um amigo / colega / etc?
Eles explicam que, nas versões mais recentes do Okular, as anotações podem ser salvas diretamente no PDF, não em arquivos de metadados separados. Algumas dessas anotações também podem ser lidas por outros leitores de PDF. As perguntas frequentes também explicam que os PDFs do Okular podem ser salvos como arquivos .okular, para que outros usuários do Okular editem. (Embora eu não veja a necessidade de anotações serem salvas no PDF.)
É importante destacar que as anotações anteriores feitas com o método de metadados podem ser salvas no PDF. Abra o PDF com anotações de metadados, depois "salvar como" e o documento terá as anotações salvas nele. Portanto, as anotações são visíveis para qualquer pessoa que possa acessar o PDF por meio do Dropbox no qual você salvou.