você pode colocar seus arquivos de disco virtual em um volume TrueCrypt, se quiser, e desmontar o volume quando não estiver em uso.
além disso, todos os métodos tradicionais estão disponíveis para criptografar o sistema de arquivos das máquinas virtuais, de modo que não inicializem sem a chave.
sua unidade compartilhada pode apontar para um volume TrueCrypt, se você assim escolher.
há realmente muito pouco sobre isso ser uma VM que muda alguma coisa, além de dar a você a opção de armazenar os discos rígidos virtuais em um contêiner criptografado.