Consegui resolver isso com dois passos principais:
- Escolha um provedor de serviços que use a interface TUN.
- Um pouco mais de roteamento de tabela
O encaminhamento de tabelas
Li o guia mais útil no link e segui as etapas fornecidas .
Minha configuração agora é dois nic físicos (eth0 e eth1) divididos em três tabelas (main, T1 e T2). T1 (eth1) roteia o material padrão (apache2, ssh etc.) e T2 (eth0) é apenas para conexões rtorrent.
Funciona como um encanto. Então, se você tiver o mesmo problema, leia o lartc.org e o problema será resolvido.
Nota
Eu não tentei esta configuração com a interface TAP, então não posso dizer se funciona ou não.