Sim, o driver da nvidia usa um módulo do kernel. Quando o driver nvidia, o VirtualBox, o ndiswrapper e um ou dois outros pacotes são instalados, eles se conectam a um sistema chamado dkms. O DKMS irá construir automaticamente cópias desses módulos para qualquer novo kernel instalado (depois que o gerenciador de pacotes instala o linux-whatever-image e o linux-whatever-headers, ele executa o dkms, que reconstrói esses módulos um por um).
Assim, o Ubuntu 14.04 só possui drivers nvidia-331 em seus pacotes usuais. Mas a solução, se você quiser que o dkms faça isso e tenha esses drivers mais novos, é adicionar uma nova fonte de software: ppa: xorg-edgers / ppa
Com os xorg-edgers adicionados como uma fonte de software, você deve encontrar os pacotes nvidia-346 listados e, na verdade, os mais novos devem ser listados quando forem lançados. Este repositório destina-se a instalar drivers de vídeo mais novos do que sua distro teria de outra forma, tanto os drivers estáveis que são apenas um pouco mais novos, quanto as versões de desenvolvimento "de ponta". Então eu não ficaria surpreso se o mais novo pacote da nvidia não sair no mesmo dia em que a nvidia o lança.
Plano B, se você não quiser fazer isso: o dkms realmente não precisa que você tenha um pacote para funcionar. Pela página man, parece que você pode adicionar uma árvore arbitrária de fontes de módulos do kernel em dkms e ela cuidará do resto. O arquivo .run da nvidia coloca um diretório de compilação do módulo do kernel em algum lugar ou outro, puxe-o para o dkms e ele deve cuidar de si mesmo.