Eu encontrei esses problemas antes; Como outros já disseram, muitas vezes foi devido a falhas no disco rígido, mas também vi com o Windows XP em um HDD de estado sólido em um netbook HP Mini 110, alguns anos atrás. Quando o disco estava ocupado escrevendo, a coisa toda seria muitas vezes inutilizável. O problema não se manifestou com outros sistemas operacionais, como o Ubuntu, e não posso dizer sobre o Windows 7.
Pode valer a pena procurar uma atualização de driver ou tentar um sistema operacional diferente (mesmo de um Live CD ou similar).
No Windows, é útil examinar o Monitor de Desempenho (diferentemente do Monitor de Recursos) e, na guia Desempenho > Ferramentas de monitoramento > Na árvore Monitor de Desempenho, adicione (ícone verde mais) e, na parte Disco Físico da árvore, adicione as entradas relacionadas ao Tamanho da Fila. Eu suspeito que você descobrirá que um dos seus discos terá um tamanho de fila que geralmente é muito alto por longos períodos de tempo.