Em geral, você não pode.
A predefinição não resulta em um vídeo diferente, a menos que sua restrição seja a largura de banda, então uma predefinição mais lenta proporcionará melhor eficiência. Mas isso afetará alguns dos parâmetros que o decodificador precisa para se inicializar, e é por isso que provavelmente não é possível lidar com diferentes fluxos de bits.
Pode haver uma possibilidade de ainda concatenar os arquivos no domínio decodificado (por exemplo, usando o filtro de concatenação), mas definitivamente não em um nível bruto de fluxo de bits. O que significa que você precisa recodificar após a concatenação.
O que você pode tentar fazer é concatenar os bytestreams:
ffmpeg -i part1.mp4 -c:v copy -an -f h264 part1.264
ffmpeg -i part2.mp4 -c:v copy -an -f h264 part2.264
cat part1.264 part2.s264 concat.264
ffmpeg -i concat.264 -c:v copy output.mp4
Mas eu não pude tentar isso agora, então sua milhagem pode variar.