Eu escolheria a opção nuclear neste caso - depois de fazer o backup. Estou assumindo que você tem um sistema Linux - execute o comando shred em /dev/sdX , onde sdx se refere a o dispositivo raiz do cartão. Isso limpará todas as partições e deixará você com um dispositivo imaculado e não particionado. Em seguida, crie uma nova partição fat32 da maneira usual.
Se você também tiver uma caixa do Windows ou uma caixa do OS X, poderá formatá-la com o formatador da SD Association depois disso - é especificamente projetado para cartões SD.