A resposta à sua pergunta por que o Windows aguarda é simples. É porque o Basic IO System funciona com interrupções que faz com que o sistema pare. Este é também o caso usando unidades flash USB externas, etc., mas você mal percebe um travamento porque esses dispositivos são mais rápidos em leitura / gravação do que em CD / DVD.
A outra questão é por que é tratada por interrupções. Eu acho que isso tem a ver com uma questão de design: você quer ter um computador que está constantemente perguntando ao seu CD / DVD-Drive se há algo para ler, mesmo que na maioria das vezes não exista um disco inserido? Acho que não.
A outra maneira de saber se há algo para ler é enviar uma interrupção do sistema e, na rotina de interrupção, manipular as coisas necessárias para que o sistema saiba onde ler.
Então os engenheiros de PC escolheram o segundo caminho (como eu provavelmente teria)
Esta é apenas uma versão resumida e não é 100% correta, mas basicamente deve mostrar o porquê. Espero que isso ajude.