Como uma resposta muito tardia a essa questão, aplicável no Xorg de 2017, ( localectl é parte de systemd , mas o formato xorg.conf deve se aplicar a configurações não-systemd). Essas opções entram em uma seção InputClass de xorg.conf . Meu sistema usa localectl para definir as opções:
$ sudo localectl set-x11-keymap us pc105 altgr-intl caps:hyper,compose:menu
# format: [layout] [model] [variant] [options]
Este comando cria um arquivo em /etc/X11/xorg.conf.d/00-keyboard.conf com as opções especificadas:
# Read and parsed by systemd-localed. It's probably wise not to edit this file
# manually too freely.
Section "InputClass"
Identifier "system-keyboard"
MatchIsKeyboard "on"
Option "XkbLayout" "us"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbVariant" "altgr-intl"
Option "XkbOptions" "caps:hyper,compose:menu"
EndSection
Como você pode ver, os localectl e xorg.conf especificam as opções em um formato separado por vírgula ( option1,option2,...,optionN ). Se você ainda tiver problemas, verifique se todos os mapas de teclado em cache foram removidos de /var/x11/xkb/ e certifique-se de especificar a opção correta. localectl list-x11-keymap-options vai te dar uma lista, ou você pode verificar em /usr/share/X11/xkb/rules/evdev.lst .