Você pode executar um arquivo em lote, carregado em startup.cmd, com o comando reg.exe necessário. Eu costumava enviar correções de arquivos em lote para os usuários em sua área de trabalho.
setlocal
set ykey=Control Panel\International
reg /add HKCU\%ykey% /v sShortDate /f /d "dd-mm-yy"
endlocal