but if I understood correctly, both the Ubuntu Server and the ESXi server must be up and running at the same time to be able to perform the conversion
Se você selecionar VMware Workstation ou outra máquina virtual VMware como o tipo de destino, a VM resultante será enviada para uma pasta compartilhada. Você pode então copiar os arquivos resultantes para o armazenamento do ESXi e adicionar a VM ao inventário.
Quanto às possíveis diferenças entre uma VM Workstation VM e uma VM nativamente criada, não faço ideia, mas você sempre pode converter a VMware Workstation VM em uma VM nativa, uma vez que tenha sido adicionada ao seu inventário do ESXi.