geralmente depende da combinação de MSI e MST, a única maneira de descobrir é testá-lo.
para um teste rápido, você pode abri-lo com o orca (ou qualquer outra ferramenta que você tenha usado para criá-lo). se o novo MSI for muito diferente do antigo, um aviso ou erro será exibido.
para o teste definitivo você precisa instalá-lo.
se o seu MST apenas adicionar linhas, nunca é um problema. Vamos dizer que você cria um MST que define REBOOT na tabela de propriedades para "ReallySuppress", você poderia aplicar isso a qualquer MSI sem problemas.
é claro que você precisa garantir que as alterações ainda façam sentido no contexto de um banco de dados relacional.
se você modificar ou excluir do banco de dados original, é necessário certificar-se de que o novo banco de dados ainda contenha as mesmas linhas que você endereça