Não, não há. Duvido que exista algum script autohotkey que precise da memória extra de 64 bits, nem que haja qualquer inconveniente fora de não ser capaz de executar scripts que você escreveu em um sistema de 32 bits.
Os próprios scripts devem ser independentes de arquitetura - compilados scripts, pois exes, por outro lado, teriam problemas. Os scripts AHK compilados em 32 bits funcionarão em um sistema de 64 bits, mas não vice-versa compatibilidade com versões anteriores para 32 bits).
Se você precisar compartilhar scripts com alguém que não tenha o AHK, é importante. Se você precisar compartilhar um script com alguém que tenha ahk em 32 bits, forneça o código-fonte para o script e deixe-o executá-lo por conta própria. Praticamente, porém, não vejo uma diferença enorme aqui.